Štúdium v košickom seminári sa ukončilo v júni 1950. Bohoslovci mohli ešte urobiť semestrálne skúšky, ale na základe rozhodnutia štátnych orgánov sa mohli prihlásiť na osobitne organizovaný kurz. Keďže odmietli účasť, boli povolaní do osobitných vojenských útvarov. Predstavení a profesori seminára na konci školského roku boli policajne sústredení v seminárnej kaplnke s odôvodnením, že bezpečnostné orgány musia vykonať prehliadku v celej budove, lebo majú správy, že sa tam ukrývajú zbrane. Zbrane sa nenašli, ale biskupský seminár bol zrušený.
Už 10. júla 1950 bol ústne oboznámený ordinariát v Košiciach od zmocnenia Slovenského úradu pre cirkevné veci, že Kňazský seminár sv. Karola Boromejkého bude likvidovaný a jeho predstavení budú disponovaní do duchovnej správy diecézy.
Potom o dva dni neskôr bola spísaná zápisnica v kňazskom seminári o prevzatí budovy kňazského seminára, ktoré prebehlo v dňoch 11. a 12. júla 1950. Budovu v použiteľnom stave prevzalo do správy Krajského národného výboru cirkevné oddelenie v Košiciach.
Vládnym nariadením 112/1950 Zb., zo dňa 14.(26.) júla 1950, bol kňazský seminár zrušený. Len časť bohoslovcov dokončila svoje štúdiá v jedinom kňazskom seminári v Bratislave.